Granblue Fantasy tem lugar no Sky Realm, um mundo onde uma miríade de ilhas flutua numa grande extensão azul.
Assume o teu papel de capitão de uma tripulação de viajantes celestiais, a que se junta um pequeno dragão chamado Vyrn e uma jovem rapariga com poderes misteriosos chamada Lyria. Juntos, navegam com um elenco colorido de companheiros de tripulação, incluindo reis e desajustados, para Estalucia, uma ilha lendária para lá do fim dos céus.
No Reino dos Céus de Zegagrande, as ilhas são guardadas por criaturas poderosas conhecidas como bestas primordiais e os ventos trazem histórias de uma organização secreta conhecida como a Igreja de Avia. Desvenda uma teia de intrigas que vai muito para além das fronteiras de Zegagrande e participa numa batalha pelo destino do Reino dos Céus.
